Dans certains cas, les repos compensateurs liés à des heures supplémentaires peuvent être inscrits sur un compte épargne-temps (CET), dans des conditions strictement définies par la réglementation. Dès lors, les modalités ordinaires d’utilisation des jours de CET s’appliquent jusqu’à la fin de la relation de travail : prise de congés, indemnisation sur une base forfaitaire ou prise en compte au sein du régime de retraite additionnelle de la fonction publique. A défaut d’en bénéficier avant la fin de la relation de travail, les jours sont définitivement perdus et n’ouvrent pas droit à indemnisation à la fin de la relation de travail (CAA Paris, 30 janvier 2024, n° 22PA02784). S’agissant des congés annuels, l’article 7 de la directive 2003/88/CE précitée prévoit un droit à indemnisation des congés annuels lorsque ceux-ci n’ont pu être pris avant la fin de la relation de travail, notamment en raison de nécessités liées au service. Cette indemnisation ne couvre que les droits relevant des quatre premières semaines de congés annuels garanties par le droit de l’Union européenne.
