Congés pour raisons de santé et TPT: de nouvelles règles applicables aux agents territoriaux

Publié au Journal officiel du 31 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie plusieurs dispositions relatives aux congés pour raisons de santé des agents publics. Pour la fonction publique territoriale, il fait notamment évoluer le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 applicable aux fonctionnaires territoriaux et le décret n° 88-145 du 15 février 1988 applicable aux agents contractuels.

À compter du 1er août 2026 : une nouvelle procédure pour le temps partiel thérapeutique (demande initiale ou renouvellement)

Lorsque le TPT est demandé à l’issue d’un congé de longue maladie, d’un congé de longue durée, d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service ou d’une disponibilité pour raison de santé, l’autorité territoriale doit prendre sa décision au plus tard le jour de la reprise.

Dans les autres situations, elle dispose d’un délai maximal de trente jours à compter de la réception de la demande (exemple : TPT après un congé de maladie ordinaire).

L’autorisation n’est plus obligatoirement accordée par périodes d’un à trois mois. Elle peut désormais être délivrée sans durée minimale imposée, dans la limite totale d’une année.

L’autorité territoriale peut faire examiner l’agent par un médecin agréé dès la réception de sa demande, mais également à tout moment pendant le TPT.

L’absence injustifiée de l’agent à l’examen organisé au stade de la demande vaut désistement. Le contrôle médical systématique auparavant prévu lorsque le TPT était prolongé au-delà de trois mois est supprimé.

Tout refus d’une demande initiale ou de renouvellement, ainsi que toute interruption du TPT à l’initiative de l’autorité territoriale, doit être motivé :

• Lorsque la décision repose sur les nécessités de la continuité ou du fonctionnement du service, elle doit être précédée d’un entretien avec l’agent. Celui-ci peut se faire assister par une personne de son choix.
• Lorsque la décision repose sur un motif médical, elle ne peut être prise sans l’avis préalable d’un médecin agréé.

En cas de contestation des conclusions du médecin agréé devant le conseil médical, le TPT dont bénéficie déjà l’agent est prolongé jusqu’à ce que le conseil médical rende son avis.

À compter du 1er août 2026 : les examens médicaux à distance :

L’examen médical d’un fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut être réalisé à distance au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication, dans le respect des règles encadrant la télémédecine.

À compter du 1er septembre 2026 : de nouvelles règles pour les arrêts de travail

Les fonctionnaires et agents contractuels doivent transmettre un avis d’arrêt de travail établi via le CERFA sécurisé.

L’arrêt précise notamment si les sorties sont autorisées, interdites ou libres. Lorsque les sorties sont autorisées mais non libres, l’agent doit en principe être présent à son domicile entre 9 heures et 11 heures et entre 14 heures et 16 heures, sauf en cas de soins ou d’examens médicaux.

La durée de prescription est, en principe, plafonnée à :

• 31 jours pour un arrêt initial ;
• 62 jours pour une prolongation.

Une dérogation reste possible lorsque le prescripteur justifie médicalement la nécessité d’une durée supérieure.

Les prolongations devront en principe être effectuées par le médecin auteur de l’arrêt initial, sauf s’il s’agit d’un spécialiste, d’un remplaçant, d’une hospitalisation, ou quand ce n’est pas possible autrement, par exemple via SOS Médecins.

L’autorité territoriale peut désormais faire procéder au contrôle administratif d’un fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée.
Ce contrôle peut porter sur la présence de l’agent à son domicile ou sur son lieu de repos :

• lorsque les sorties ne sont pas autorisées ;
• ou pendant les heures de présence obligatoire.

Le contrôle doit être réalisé par une personne dûment habilitée. Une absence injustifiée ou un refus de contrôle entraîne l’interruption du versement de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt. La période non rémunérée demeure comptabilisée dans la durée du congé.

Des règles simplifiées pour les congés de longue maladie et de longue durée :

Le congé de longue maladie ou de longue durée peut désormais être accordé ou renouvelé pour une durée maximale de six mois, sans durée minimale de trois mois.

La saisine du conseil médical pour le renouvellement d’un CLM ou d’un CLD même après épuisement des droits à plein traitement est supprimée. Le contrôle médical périodique par un médecin agréé demeure toutefois possible.

La possibilité de se former pendant un congé pour raisons de santé mais… :

Sous réserve de l’avis favorable d’un médecin agréé, un fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut demander à :

• commencer ou poursuivre une action de formation ;
• réaliser un bilan de compétences ;

afin de préparer sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.

L’autorité territoriale dispose de trente jours pour se prononcer sur la demande.

Cette possibilité est également étendue, dans les conditions prévues par le décret, aux agents placés en CITIS ainsi qu’aux agents contractuels bénéficiant d’un congé de maladie, de grave maladie, d’accident du travail ou de maladie professionnelle.

… interdiction d’exercer une activité rémunérée :

L’obligation de cesser toute activité rémunérée, qui concernait déjà les agents placés en congé de longue maladie ou de longue durée, est étendue au congé de maladie ordinaire. Des exceptions demeurent possibles pour certaines activités liées à la réadaptation, contrôlées médicalement. En cas d’activité rémunérée non autorisée, le versement de la rémunération est interrompu et les sommes indûment perçues peuvent être récupérées.