Report et indemnisation des congés annuels

Mise à jour juin 2026 : une décision du 16 juin 2026 du Conseil d’Etat a annulé l’article 4 du décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 qui introduit les articles 5-1 et 5-2 au sein du décret du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux. Cet article prévoyait les modalités de report et d’indemnisation des congés annuels non pris pour raisons de santé ou du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales. Le Conseil d’Etat a annulé ces dispositions dans la mesure où elles ne prévoyaient pas l’information des agents sur le nombre de jours de congés annuels reportés dont ils disposent et la date jusqu’à laquelle ces congés peuvent être pris, et les modalités de report et d’indemnisation applicables pour les congés annuels non pris du fait de nécessités de service. Le Conseil d’Etat a enjoint au Premier Ministre de modifier les articles 5-1 et 5-2 du décret n°85-1250 dans un délai de six mois à compter de la notification de cette décision.

Les modalités précédemment applicables et qu’il serait possible d’appliquer à nouveau étaient prévues par une directive 2003/88 du 4 novembre 2003, la Cour de Justice de l’Union Européenne (CJUE) ainsi que par la jurisprudence administrative :

• Le report s’effectue dans la limite de 15 mois suivant le terme de l’année concerné (soit jusqu’au 31 mars de l’année N+2) et dans la limite de 4 semaines de congés annuels non pris.
• L’indemnité est calculée en référence à la rémunération que l’agent aurait normalement perçue lors des congés annuels qu’il n’a pas pu prendre, soit un taux journalier égal à 1/30ème de son traitement net (CAA Nancy, 21 juillet 2022, 19NC03752).

Les dispositions de l’article 5 du décret du 15 février 1988 qui prévoyaient les modalités d’indemnisation des congés annuels non pris pour les agents contractuels ne sont plus applicables car la décision du Conseil d’Etat n’annule pas l’article 5 du décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 qui supprime cet article.

Afin de conformer les dispositions statutaires au droit européen, deux régimes dérogatoires permettent le report des droits à congés annuels non pris en raison d’un congé pour raison de santé ou d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, et l’indemnisation des congés non utilisés à la fin de la relation de travail.

Droit au report des congés annuels non pris au cours de l’année de référence en raison d’un congé de maladie ou d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales (congé de maternité, parental, de proche aidant…) :

• période de report de 15 mois, prolongeable sur autorisation exceptionnelle de l’autorité territoriale ;
• report limité aux 4 premières semaines de congé annuel par période de référence, sauf si ce report est dû à un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales.

Droit à l’indemnisation des congés annuels non pris avant la fin de la relation de travail :

– indemnisation limitée aux 4 premières semaines de congé annuel par période de référence, sauf en cas de congé lié aux responsabilités parentales ou familiales ;
– modalités de calcul et assiette de l’indemnité fixées par l’arrêté du 21 juin 2025 (Indemnisation d’un jour de congé annuel non pris = (rémunération mensuelle brute x 12) / 250)

Ces règles sont applicables aux agents contractuels. Les nouvelles modalités d’indemnisation remplacent l’indemnité compensatrice de congés annuels qui était versée aux contractuels n’ayant pu bénéficier d’aucun congé annuel (1/10 de la rémunération totale brute perçue par l’agent lors de l’année en cours).